酶催化工艺具有安全环保绿色合成的优点，但其生产过程用到的酶、菌体产生的宿主蛋白、宿主DNA、培养基等成分，可能会传递到成品原料中，而导致潜在的致敏作用。为保证产品的安全有效和质量可控，国家药监局对医药中间体和原料药的生产过程有着严格的监管要求，特别是对酶蛋白及宿主蛋白的严格控制限度。

采用膜过滤方式，还可以除去大部分色素及大分子杂质，取消重结晶步骤，减少酸碱和活性炭用量，缩短处理时间，降低产物损失，从而获得高含量、高收率、高纯度的产品。